YourListView.setOnItemClickListener(new ListView.OnItemClickListener() {
        @Override
        public void onItemClick(AdapterView<?> parent, View view, int position, long id) {
                // 이곳에서 position 값을 누적하시면 될 것 같은데요?
        }
});

저장 자료구조로는 
ArrayList<Integer> 를 쓰셔도 될 것 같구요.
HashMap<Integer, Integer> 를 쓰셔도 될 것 같구요.

물론 미리 개수만큼 allocation 및 count 를 0으로 초기화 하는거 잊지마시구요..

각 아이템의 클릭 횟수를 저장하고 싶으신거면
onItemClick 메소드에서가 아닌 바깥에서 클릭횟수를 저장할 변수를 선언해서 초기화를 해주세요.

예시) ArrayList<Integer>에 넣을경우 10개의 0을 미리 add해놓은후에 

        onItemClick메소드에서 클릭된 position값에 해당하는 integer값을 꺼내서 ++해주고 이전값은 지운후 그자리에 다시 set을 해줍니다.

        후에 ArrayList<Integer>의 값을 꺼내보면 각 아이템당 클릭횟수를 알수있습니다.

        아이템의 갯수가 가변적이라고 하더라도 어댑터에 연결하는 List의 갯수만큼 초기 값을 add해 놓으면 됩니다.

예시2) HashMap의 경우 앞의 Integer의 값은 position값, 뒤의 Integer의 값은 클릭된 횟수 값으로 하여 값을 저장하시면됩니다.

예시3) 단순히 배열을 아이템의 갯수만큼 생성해서 각 칸에 클릭값을 넣어서 조회해도 됩니다.

          int[] a = new int[]{0,0,0,0,0,0,0,0,0,0}; 형태로 배열을 초기화후에

          a[position]++; 형태로 값을 늘리면 됩니다.