일단 어떤 상황인지 에러 메세지도 없고 소스도 없어서 잘 모르겠지만

간헐적으로 나타난다면

GLSurfaceView 혹은 Thread 상황에서 Jni 연결한거라면 

jvm->AttachCurrentThread(&env, NULL) 를 체크해주시길 바라겠습니다.

답변 감사합니다. 아즈라엘님.

에러 메세지는 아래와 같습니다.

02-14 17:04:48.636: W/dalvikvm(31807): JNI WARNING: DeleteLocalRef(0x40528b58) failed to find entry (valid=1)

02-14 17:04:48.636: W/dalvikvm(31807): JNI WARNING: DeleteLocalRef(0x40528b80) failed to find entry (valid=1)
02-14 17:04:48.636: W/dalvikvm(31807): JNI WARNING: DeleteLocalRef(0x40529138) failed to find entry (valid=1)
02-14 17:04:48.636: W/dalvikvm(31807): JNI WARNING: DeleteLocalRef(0x40528af0) failed to find entry (valid=1)
02-14 17:04:48.636: W/dalvikvm(31807): JNI WARNING: DeleteLocalRef(0x4051c590) failed to find entry (valid=1)
02-14 17:04:48.656: W/dalvikvm(31807): JNI WARNING: DeleteLocalRef(0x40528b58) failed to find entry (valid=1)
02-14 17:04:48.656: W/dalvikvm(31807): JNI WARNING: DeleteLocalRef(0x40528b80) failed to find entry (valid=1)
02-14 17:04:48.656: W/dalvikvm(31807): JNI WARNING: DeleteLocalRef(0x40529138) failed to find entry (valid=1)
02-14 17:04:48.656: W/dalvikvm(31807): JNI WARNING: DeleteLocalRef(0x40528af0) failed to find entry (valid=1)
02-14 17:04:48.656: W/dalvikvm(31807): JNI WARNING: DeleteLocalRef(0x4051c590) failed to find entry (valid=1)

처음 액티비티를 생성하면서 initJNI()를 호출하게 되고

화면을 갱신하기 ㅇSurfaceView의 run에서 C의 함수를 호출합니다. 이때 화면갱신중 PlaySound를 호출하게 됩니다.

C - intiJNI

JNIEnv*  jni_env;
jclass  jni_cls;
jobject* jni_obj;
jmethodID jni_methodID;

 JNIEXPORT void JNICALL Java_InitJNI(JNIEnv *env, jobject obj, jint sw, jint sh)
{
 jni_env = env;

 jni_obj = (jobject)(*env)->NewGlobalRef(env,obj);
 jni_cls = (*jni_env)->GetObjectClass(jni_env,jni_obj);

 playSoundMID = (*jni_env)->GetMethodID(jni_env,  jni_cls, "PlaySound","(I)V");
 }

C - PlaySound

void PlaySound(int nRequestNum, boolean bLoop, int nNowTime) 
{

 (*jni_env)->CallVoidMethod(jni_env, jni_obj, playSoundMID, nRequestNum);

}

이렇게 구성된 파일을  수정했습니다. 아즈라엘님의 말처럼 수정해봤습니다.

수정후 C - initJNI

 static JavaVM *g_VM;
//////////////////////////////////
JNIEnv*  jni_env;
jclass  jni_cls;
jobject* jni_obj;
jmethodID jni_methodID;
//////////////////////////////////

JNIEXPORT void JNICALL Java_InitJNI(JNIEnv *env, jobject obj, jint sw, jint sh)
{
 JavaVM* l_VM;
 (*env)->GetJavaVM(env, &l_VM);
 g_VM = (*env)->NewGlobalRef(env, l_VM);
 //LOGW("----------- init jni --------------");
 jni_obj = (jobject)(*env)->NewGlobalRef(env,obj);
}

수정후 C - PlaySound

void  PlaySound(int soundNum, boolean bLoop, int nNowTime) 
{
 JNIEnv* env;

 if(!g_VM)
  return;

 (*g_VM)->AttachCurrentThread (g_VM, (JNIEnv **) &env, NULL);
 jni_cls = (*env)->FindClass(env, "com/example/exam/NativeCall");
 jni_methodID = (*env)->GetMethodID(env, jni_cls, "PlaySound","(I)V");

 (*env)->CallVoidMethod(env, jni_obj, jni_methodID, soundNum);
}

위 처럼 수정하고 난뒤에 다시 지우고 g_VM을 가져오지 않은 상태에서 처음 initJNI에서

JNIEnv* jni_env를 NewGlobalRef로 할당하고 플레이 하면 같은 오류가 발생하더군요.

결국 (*g_VM)->AttachCurrentThread를 사용해야지만 제 문제는 해결되는듯 합니다.

제가 조언을 해주신대로 옳바르게 한건지 모르겠네요...

그런데 질문이 있습니다. jni_cls 와 jni_methodID값은 항상 같은 클래스 같은 메소드를 참조하게 됩니다.

그렇다고 해도 PlaySound에 넣어서 (*env)를 통해 계속 값을 할당받아야 하는지 궁금합니다.

PlaySound가 어쩌다 보니 거의 매프레임마다 불리어지게끔 되어있어서 그렇습니다. 

* 소스코드에서 엔터만 치면 저렇게 나눠져 버리네요... 죄송합니다. 이쁘게 보여드려야하는데...

C - initJNI            

 static JavaVM *g_VM;
//////////////////////////////////
// jni enviroment
static jclass  jni_cls;
static jmethodID jni_methodID;
//////////////////////////////////

JNIEXPORT void JNICALL Java_InitJNI(JNIEnv *env, jobject obj, jint sw, jint sh)
{
 (*env)->GetJavaVM(env, &g_VM);
 jni_cls = (*env)->FindClass(env, "com/example/exam/NativeCall");
 jni_methodID = (*env)->GetStaticMethodID(env, jni_cls, "PlaySound","(I)V");

}

 void PlaySound(int soundNum)
{
 JNIEnv* env;
 
 if(!g_VM)
  return;
 
 (*g_VM)->AttachCurrentThread (g_VM, &env, NULL);
 (*env)->CallStaticVoidMethod(env, jni_cls, jni_methodID, (jint)soundNum);
}

제가 최종적으로 수정한 소스입니다. C에서 호출되는 메소드인 자바메소드 PlaySound(위의 C-PlaySound가 아닙니다.)는

static void 함수로 선언했습니다. 아직까지 문제는 나타나지 않았습니다.

그리고 AttachCurrentThread의 두번째 인자인 &env를 (void** )&env로 호출하라고 되어있는 예제들이 많이있습니다.

제 환경에서는 (void**)를 포함했을 때 warnig이 발생하여 찾아보니 (void**)를 제거하고 하라더군요.

저와 같은 문제를 겪는 분들에게 도움이 되었음 합니다.

그럼 마지막으로 도움을 주신 아즈라엘님 감사합니다. 정말 많은 도움이 되었습니다.